Landets største flyselskap, Japan Airlines (JL) har hovedkontor i Tokyo. Selskapet har direkteruter til ca 60 destinasjoner innenlands og mer enn 30 internasjonale destinasjoner i Asia, Europa, Oseania, Nord-Amerika og Sør-Amerika. JL er en del av oneworld-alliansen og har codeshare-avtaler med ca 30 andre flyselskaper også. Flyselskapet har ulike reiseklasser: First Class, Executive Class (tilsvarende businessklasse), Premium Economy Class, Class J (økonomiklasse med større seter) og Economy Class. Flåten har en rekke to-, tre- og firedelte kabinkonfigurasjoner. Japan Airlines' primære administrasjonssenter ligger på Tokyo Haneda Airport (HND) og Narita International Airport (NRT).